• Responsables

• JONQUET Jessica (Responsable)

  Département : Informatique (UFR SEN)
• CROWET Jean-Marc (Coresponsable)

  Département : Biologie-Biochimie (UFR SEN)

Les objectifs sont de montrer comment les informations physiques, chimiques et biologiques sont intégrées dans la mise au point de méthodes informatiques permettant de répondre à des questions biologiques, et comment différentes approches et ressources informatiques sont mises en oeuvre en bio-informatique, avec un focus sur les aspects HPC.
Différents niveaux de complexité de la biologie seront succinctement présentés avec les méthodologies utilisées pour générer les données qui seront traitées informatiquement. Les approches de bioinformatique seront alors déclinées selon chacun des niveaux considérés. Les travaux pratiques associés présenteront les méthodes utilisées, et la validation sera effectuée par la déclinaison de projets individuels et/ou en équipe.

S’insérer dans des projets multidisciplinaires et exploiter pleinement les approches HPC pour le traitement des données biologiques dans un contexte scientifique

Cours magistraux (4x2h) :

• Données biologiques, méthodes informatiques en bioinformatique et bases de données
• Traitements informatiques des séquences et prédictions structure-fonction
• Modélisation des structures moléculaires et des leurs interactions
• Visualisations dédiées aux données bio-informatiques et aux objets biologiques

Travaux pratiques (3x4h) :

• Problématique de visualisation et de représentation spatiale de données informatiques
• Traitement des séquences et utilisation des bases de données biologiques
• Structure/fonction/dynamique d’interactions moléculaires

Projets :

• Projet de groupe sur une thématique d’intérêt scientifique en bioinformatique