BIOINFO0301 - Bioinformatique

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  • Équipe pédagogique

    • Responsables

    • CROWET Jean-Marc
      Département : Biologie-Biochimie (UFR SEN)
    • Intervenants

    • ROMIER-CROUZET Béatrice
      Département : Biologie-Biochimie (UFR SEN)
  • Volume horaire

  • Nature TD Total
    Durée 24h24h
  • Modalités de contrôle des connaissances (MCC)

  • Type : CCI (contrôle continu intégral)*

    Nature Durée Poids
    CR n°133 %
    CR n°233 %
    CR n°334 %
    * La moyenne est calculée en supprimant la note la plus basse ; la moyenne compte pour la première session et est reportée en deuxième session.
  • Objectifs

  • Connaître les principales banques de données biologiques et comment les exploiter.
    Visualiser et analyser les données biologiques, principalement en terme de séquence et de structure.
    Réaliser des prédictions à partir de données biologiques.
    Savoir produire une représentation moléculaire 2D et 3D claire et explicative.

  • Compétences générales visées

  • Mobiliser les concepts et les outils de l’informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant. (RNCP24530BC02)
    Identifier, choisir et appliquer une combinaison d’outils analytiques adaptés pour caractériser les organismes et leur fonctionnement aux différents niveaux d’analyse. (RNCP24530BC04) 
    Interpréter des données expérimentales pour envisager leur modélisation. Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux et apprécier ses limites de validité. Exploiter des logiciels d’acquisition et d’analyse de données avec un esprit critique. (RNCP24530BC06)

  • Connaissances requises

  • Connaissances de base en Biochimie ; nature des molécules biologiques et leurs structures

  • Programme

  • L’UE Eléments de bioinformatique vise à présenter les données et les banques de données associées aux Sciences Biologiques et comment les exploiter via des outils informatiques. Les connaissances et concepts de base vus en première Licence seront manipulés via ces outils.

    Les données biologiques

    • L’ADN et l’ARN
    • Les protéines
    • Les génomes et les organismes modèles
    • Les autres molécules biologiques
    • Les ressources bibliographiques

    L’exploitation des séquences en bioinformatique 

    • Outils d’analyses et de prédictions
    • Les alignements de séquences

    Graphisme moléculaire 

    • Création et visualisation moléculaire en 2D
    • Visualisation et manipulation moléculaire en 3D